O candidato Jair Bolsonaro (PSL) foi a opção preferida entre os eleitores de Mogi Mirim para exercer o cargo de presidente, com 66,65% dos votos válidos na cidade. Primeiro colocado no primeiro turno das eleições nacionais, Bolsonaro recebeu 31.820 votos em Mogi Mirim.
Diferente do resultado geral do país, que teve Fernando Haddad (PT) como segundo colocado e confirmado no segundo turno com Bolsonaro, em Mogi Mirim a segunda colocação ficou com Geraldo Alckmin (PSDB), com 9,38%, 4.480 votos. O terceiro colocado foi Ciro Gomes (PDT), com 9%. Fernando Haddad ficou em quarto lugar na cidade, com 7,04% dos votos válidos.

Em seguida, ficaram João Amoedo (Novo), com 4,13%; Cabo Daciolo (Patri), com 1,06%; Henrique Meirelles (MDB), com 0,92%; Marina Silva (Rede), com 0,71%; Álvaro Dias (Pode), com 0,60%; Guilherme Boulos (PSOL), com 0,36%; João Goulart Filho (PPL), com 0,06%; Eymael (DC), com 0,06%; e Vera (PSTU), com 0,04%, o equivalente a 17 votos.
Mogi Mirim registrou 3,68% de votos brancos e 5,36% de nulos. Desta forma, os votos válidos foram 90,96%. Foram 1.932 votos brancos e 2.814 nulos.