O Mogi Mirim estreia na 47ª edição da Copa São Paulo de Futebol Juniores no dia 2 de janeiro, às 17h, diante do Náutico-PE, pela primeira rodada do Grupo 12. Todos os jogos do grupo serão disputados no Estádio Municipal Leonardo Barbieri, em Águas de Lindóia.
Pela segunda rodada, no dia 4, uma segunda-feira, às 20h, o Mogi encara o Paysandu. Encerrando a primeira fase, o Sapo pega o Guarani, no dia 6, uma quarta-feira, às 20h.
A Copa São Paulo apresenta 112 clubes divididos em 28 grupos de quatro times. Os clubes jogam entre si na primeira fase, classificando-se os dois primeiros colocados de cada grupo para a etapa seguinte, quando terá início a fase eliminatória.
Os 56 times classificados disputam a segunda fase no sistema eliminatório. A terceira fase, com 28 equipes, segue no mesmo sistema. Os 14 times classificados disputam as oitavas de final. Em seguida, o time eliminado nas oitavas com melhor campanha se junta aos sete times classificados para formar as quartas de final. Posteriormente, a competição segue normalmente com a semifinal e a decisão, que será no dia 25 de janeiro, no Estádio Paulo Machado de Carvalho, o Pacaembu.
Na fase eliminatória, em caso de empate, os jogos serão decididos nos pênaltis.
Retorno
O Sapo não competiu em 2015. Em 2014, foi o último colocado do Grupo O, que contava com Goiânia-GO, Avaí-SC e Red Bull Brasil. O Sapinho perdeu os três jogos disputados.