O Mogi Mirim caiu no Grupo D do Campeonato Paulista 2016 na companhia de Corinthians, Red Bull, Rio Claro e um time oriundo da Série A-2, que será definido entre Água Santa e Mirassol. A indefinição ocorre em virtude da possibilidade do estádio do Água Santa, que garantiu o acesso como quarto colocado da Série A-2, não poder receber jogos do Paulistão. Neste caso o quinto colocado Mirassol pode ganhar o acesso.
A principal novidade da competição é o aumento do número de times rebaixados, de quatro para seis, o que irá complicar a situação dos clubes pequenos. Da mesma forma, o número de times que sobem da Série A-2 cai de quatro para dois. A medida objetiva um Paulistão com 16 clubes em 2017 para melhorar o nível técnico da competição, reduzir datas e aumentar a verba dos clubes participantes.
Com exceção da mudança em relação ao rebaixamento, o sistema de disputa é semelhante ao dos últimos anos, com 20 clubes divididos em quatro grupos de cinco times. As equipes do mesmo grupo não se enfrentam na primeira fase. Cada time joga apenas contra as equipes dos outros grupos, totalizando 15 rodadas. Os dois primeiros colocados de cada grupo se enfrentam entre si nas quartas de final. Desta forma, a semifinal terá um representante de cada grupo.
Assim, o Mogi Mirim irá encarar São Paulo, Palmeiras e Santos na primeira fase. O Sapo jogará contra o Corinthians apenas se os dois times se classificarem para as quartas de final e, neste caso, duelarão por uma vaga à semifinal.
Uma novidade é que um técnico não poderá dirigir mais de uma equipe na mesma competição. O limite de 28 jogadores inscritos, sendo 25 de linha e três goleiros, por time foi mantido. O objetivo é dificultar a utilização de times reservas.
O sorteio dos grupos foi realizado no Conselho Arbitral promovido pela Federação Paulista de Futebol na quinta-feira. A competição começa em 31 de janeiro e termina em 8 de maio.